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Runs of homozygosity for autozygosity estimation and genomic analysis in production animals

As corridas em homozigose (ROHs) são longos trechos genômicos em homozigose, identificáveis por meio de marcadores moleculares, que podem fornecer informações genômicas para estimativas precisas, utilizadas para caracterizar populações, determinar história evolutiva e informações demográficas, estim...

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Main Authors: Rebelato, Arnaldo Basso, Caetano, Alexandre Rodrigues
Format: Artigo
Language: English
Published: Embrapa Secretaria de Pesquisa e Desenvolvimento Pesquisa Agropecuária Brasileira 2019
Subjects:
Autozigose
Genotipagem
assinaturas de seleção
Polimorfismo (Genética)
Online Access: http://repositorio.unb.br/handle/10482/33336
https://dx.doi.org/10.1590/s0100-204x2018000900001
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id ir-10482-33336
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spelling ir-10482-333362019-05-23T15:17:30Z Runs of homozygosity for autozygosity estimation and genomic analysis in production animals Corridas em homozigose para estimativa de autozigosidade e análise genômica em animais de produção Rebelato, Arnaldo Basso Caetano, Alexandre Rodrigues Autozigose Genotipagem assinaturas de seleção Polimorfismo (Genética) As corridas em homozigose (ROHs) são longos trechos genômicos em homozigose, identificáveis por meio de marcadores moleculares, que podem fornecer informações genômicas para estimativas precisas, utilizadas para caracterizar populações, determinar história evolutiva e informações demográficas, estimar níveis de consanguinidade e identificar assinaturas de seleção em animais de interesse zootécnico. Este artigo de revisão tem por objetivo fazer um levantamento dos trabalhos sobre a eficiência de ROHs para essas finalidades. Fatores como deriva genética, seleção natural ou artificial, efeito fundador e número efetivo da população influenciam diretamente o tamanho e a distribuição das ROHs pelo genoma. Individualmente, a estimativa genômica de consanguinidade baseada em ROHs pode ser realizada por meio do índice FROH, que, em geral, é considerado mais preciso do que índices baseados em outros tipos de informações genômicas ou genealógicas. Altas frequências de ROHs específicas em uma população podem ser utilizadas para identificar assinaturas de seleção. Os resultados de trabalhos recentes com ROHs em animais domésticos têm mostrado a eficiência de seu uso para caracterização de rebanhos, de forma confiável e acessível, a partir de informações genômicas. Runs of homozygosity (ROHs) are long stretches of homozygous genomic segments, identifiable by molecular markers, which can provide genomic information for accurate estimates to characterize populations, determine evolutionary history and demographic information, estimate levels of consanguinity, and identify selection signatures in production animals. This review paper aims to perform a survey of the works on the efficiency of ROHs for these purposes. Factors such as genetic drift, natural or artificial selection, founder effect, and effective population size directly influence the size and distribution of ROHs along the genome. Individually, genome estimates of consanguinity based on ROHs can be obtained using the FROH index, which is generally considered more accurate than indexes based on other types of genomic or genealogical information. High frequencies of specific ROHs in a population can be used to identify selection signatures. The results of recent studies with ROHs in domestic animals have shown the efficiency of their use to characterize herds in a reliable and accessible way, using genomic information. 2019-01-02T13:50:35Z 2019-01-02T13:50:35Z 2018 Artigo REBELATO, Arnaldo Basso; CAETANO, Alexandre Rodrigues. Runs of homozygosity for autozygosity estimation and genomic analysis in production animals. Pesquisa agropecuária brasileira, Brasília, v. 53, n. 9, p. 975-984, set. 2018. DOI: http://dx.doi.org/10.1590/s0100-204x2018000900001. Disponível em: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2018000900975&lng=en&nrm=iso. Acesso em: 23 maio 2019. REBELATO, Arnaldo Basso; CAETANO, Alexandre Rodrigues. Corridas em homozigose para estimativa de autozigosidade e análise genômica em animais de produção. Pesquisa agropecuária brasileira, Brasília, v. 53, n. 9, p. 975-984, set. 2018. DOI: http://dx.doi.org/10.1590/s0100-204x2018000900001. Disponível em: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2018000900975&lng=en&nrm=iso. Acesso em: 23 maio 2019. http://repositorio.unb.br/handle/10482/33336 https://dx.doi.org/10.1590/s0100-204x2018000900001 en Acesso Aberto (CC BY) - This is an open-access article distributed under the Creative Commons Attribution 4.0 International License. application/pdf Embrapa Secretaria de Pesquisa e Desenvolvimento Pesquisa Agropecuária Brasileira
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Polimorfismo (Genética)
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Rebelato, Arnaldo Basso
Caetano, Alexandre Rodrigues
Runs of homozygosity for autozygosity estimation and genomic analysis in production animals
description As corridas em homozigose (ROHs) são longos trechos genômicos em homozigose, identificáveis por meio de marcadores moleculares, que podem fornecer informações genômicas para estimativas precisas, utilizadas para caracterizar populações, determinar história evolutiva e informações demográficas, estimar níveis de consanguinidade e identificar assinaturas de seleção em animais de interesse zootécnico. Este artigo de revisão tem por objetivo fazer um levantamento dos trabalhos sobre a eficiência de ROHs para essas finalidades. Fatores como deriva genética, seleção natural ou artificial, efeito fundador e número efetivo da população influenciam diretamente o tamanho e a distribuição das ROHs pelo genoma. Individualmente, a estimativa genômica de consanguinidade baseada em ROHs pode ser realizada por meio do índice FROH, que, em geral, é considerado mais preciso do que índices baseados em outros tipos de informações genômicas ou genealógicas. Altas frequências de ROHs específicas em uma população podem ser utilizadas para identificar assinaturas de seleção. Os resultados de trabalhos recentes com ROHs em animais domésticos têm mostrado a eficiência de seu uso para caracterização de rebanhos, de forma confiável e acessível, a partir de informações genômicas.
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