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Mapeamento citogenético em Citrus: análises evolutivas e integração com dados genômicos

SILVA, Sandra Mendes da, também é conhecida em citações bibliográficas por: MENDES, Sandra

Main Author: SILVA, Sandra Mendes da
Other Authors: PEDROSA-HARAND, Andrea
Format: doctoralThesis
Language: por
Published: Universidade Federal de Pernambuco 2018
Subjects:
Genética vegetal
Tangerina
Filogenia
Online Access: https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/27097
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id ir-123456789-27097
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spelling ir-123456789-270972018-09-29T05:06:37Z Mapeamento citogenético em Citrus: análises evolutivas e integração com dados genômicos SILVA, Sandra Mendes da PEDROSA-HARAND, Andrea http://lattes.cnpq.br/2142853799567846 http://lattes.cnpq.br/1943460568130558 Genética vegetal Tangerina Filogenia SILVA, Sandra Mendes da, também é conhecida em citações bibliográficas por: MENDES, Sandra Citrus é um gênero de grande importância econômica na fruticultura mundial. As espécies desse grupo apresentam 2n = 18, e embora seus cromossomos sejam pequenos e similares, o grupo é bem caracterizado citogeneticamente. Recentemente, o sequenciamento genômico total foi obtido para alguns de seus representantes. Assim como as análises citogenéticas realizadas no grupo, esses dados são importantes para entender as complexas relações entre suas espécies puras e híbridas e auxiliar no seu melhoramento. Com o objetivo de ancorar os dados genômicos com o mapa citogenético disponível para a tangerina Citrus reticulata Blanco, espécie considerada parental de diversos híbridos de importância econômica como, por exemplo, a laranja- azeda (Citrus aurantium L.) e a tangerina C. clementina Hort. ex Tan., 13 novos clones genômicos BACs (cromossomos artificiais de bactérias) foram mapeados por hibridização in situ fluorescente (BAC-FISH). Adicionalmente, sete BACs previamente mapeados foram ancorados nos scaffolds através de suas sequências. Assim, o presente trabalho apresenta a correlação entre os scaffolds e cromossomos de tangerina, permitindo aprofundar estudos comparativos e de genômica estrutural no grupo. Além disso, o presente trabalho também analisou a origem da laranja-azeda por meio dos BACs 28A07 e 32G14, previamente mapeados em seus parentais (C. reticulata e C. maxima), bem como verificou a variabilidade cariotípica em nove acessos dessa espécie e em C. natsudaidai, espécie proximamente relacionada, por meio de bandeamento CMA/DAPI e FISH com sondas de DNAr 5S e 45S. Os dados obtidos corroboram sua origem a partir de cruzamento de C. reticulata e C. maxima, porém indicam diversas alterações cromossômicas surgidas no híbrido após uma ou múltiplas origens. FACEPE Citrus is a genus of great economic importance in world horticulture. The species of this group have 2n = 18, and although their chromosomes are small and alike, the group is well characterized cytogenetically. Recently, the whole genome sequence of some of its representatives became available. As the cytogenetic analyses, these data are important for understanding the complex relationships between their pure and hybrid species and for assisting their breeding programs. Aiming to anchor the genomic data with the available cytogenetic map of the mandarin Citrus reticulata Blanco, a species considered ancestral to several hybrids of economic importance as, for example, sour orange (Citrus aurantium L.) and C. clementine Hort. Tan ex., 13 new genomic BAC clones (bacterial artificial chromosomes) were mapped by fluorescence in situ hybridization (BAC-FISH). In addition, seven previously mapped BACs were anchored in scaffolds through their sequences. Thus, this study shows the correlation between the mandarin scaffolds and chromosomes, allowing further comparative studies and structural genomics in the group. In addition, this study also examined the origin of sour orange using BACs 28A07 and 32G14, previously mapped in their ancestrals (C. reticulata and C. maxima), as well as the karyotype variability in nine accessions of this species and one of C. natsudaidai, a closely-related species, using CMA/DAPI banding and FISH with 5S and 45S rDNA probes. The data confirmed its origin from C. reticulata and C. maxima, but indicate various chromosomal changes arising in the hybrid after one or multiple origins. 2018-09-28T18:03:02Z 2018-09-28T18:03:02Z 2016-02-26 doctoralThesis https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/27097 por openAccess Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazil http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/ Universidade Federal de Pernambuco UFPE Brasil Programa de Pos Graduacao em Biologia Vegetal
institution REPOSITORIO UFPE
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