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Análise computacional e gênica de fatores de transcrição da família Kruppel-like Factors associados a cardiopatias

Os fatores Kruppel-like (KLF) são responsáveis pela ativação e repressão de diversos genes envolvidos em processos fisiológicos e patológicos, como desenvolvimento cardíaco, adipogênese e diabetes. A família KLF possui um domínio conservado de ligação ao DNA contendo no qual mutações missense podem...

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Main Author: FERREIRA, Katyana Kaline Silva
Other Authors: MARTINS, Danyelly Bruneska Gondim
Format: masterThesis
Language: por
Published: Universidade Federal de Pernambuco 2018
Subjects:
Coração – Doenças
Doenças hereditárias
Online Access: https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/27579
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id ir-123456789-27579
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spelling ir-123456789-275792019-10-26T03:35:07Z Análise computacional e gênica de fatores de transcrição da família Kruppel-like Factors associados a cardiopatias FERREIRA, Katyana Kaline Silva MARTINS, Danyelly Bruneska Gondim GOMES, Enéas Ricardo de Morais http://lattes.cnpq.br/7266872658885147 http://lattes.cnpq.br/5510193262532567 Coração – Doenças Doenças hereditárias Os fatores Kruppel-like (KLF) são responsáveis pela ativação e repressão de diversos genes envolvidos em processos fisiológicos e patológicos, como desenvolvimento cardíaco, adipogênese e diabetes. A família KLF possui um domínio conservado de ligação ao DNA contendo no qual mutações missense podem afetar a eficiência de ligação e regulação da transcrição. Apesar de alguns fatores de transcrição já serem conhecidos por estarem relacionados a síndrome de Down (SD), o papel das KLFs ainda é desconhecido para o desenvolvimento de defeitos cardíacos congênitos (DCC) na SD. O objetivo do estudo foi realizar análises de bioinformática dos efeitos funcionais e estruturais de mutações missense em KLFs envolvidas no desenvolvimento cardíaco e doenças cardíacas, assim como, avaliar o perfil de expressão gênica da KLF2 e KLF10 em crianças com SD e DCC. Dezessete algoritmos foram utilizados para predizer o efeito das mutações sobre a estrutura e função de sete KLFs. Foram selecionadas as mutações Top3 em cada categoria: mutações no domínio dedo de zinco em resíduos conservados e não-conservados. Um total de 850 mutações missense foram encontradas em sete KLFs envolvidas no desenvolvimento cardíaco e doenças cardíacas. Apenas a KLF5 p.Cys410Phe, mutação de resíduo conservado de interação ao zinco, foi predita como deletéria em todos os algoritmos, enquanto apenas a KLF15 p.Arg364Pro afeta a ligação ao DNA. Para a análise de expressão da KLF2 e KLF10, amostras de sangue de 42 crianças de João Pessoa e Recife, com e sem SD e DDC, foram coletadas e analisadas por qPCR. A expressão relativa da KLF2 mostrou uma menor expressão em todos os grupos estudados, enquanto a KLF10 não mostrou expressão em crianças saudáveis, porém, foi expressa em crianças com SD e crianças com SD/DCC, mostrando uma diferença significativa (p=0.0111). Nossos resultados reforçam a importância da avaliação computacional através de diferentes algoritmos para determinar as mutações KLF mais importantes a serem estudadas in vitro e in vivo. Além disso, sugerem a KLF2 e KLF10 como fatores de transcrição que podem estar envolvidos não apenas em DCC, bem como em SD/DCC, destacando a importância do entendimento desses defeitos na SD. CAPES Kruppel-like Factors (KLF) are responsible for activating and repressing many genes involved in physiologic and pathological processes, like cardiac development, adipogenesis, and diabetes. KLF family shows three conserved zinc-fingers, so non-synonymous variants in this domain can affect the binding efficiency and transcription regulation. Although some transcription factors have already been known related to Down syndrome (DS), the role of KLFs in the congenital heart defects (CHD) development in DS has not yet known. The aim of this study was to perform a computational evaluation of the structural and functional effects of non-synonymous variants in KLFs involved in cardiac development and diseases, as well as, to evaluate the expression profile of KLF2 and KLF10 in DS children with CHD. Seventeen algorithms were used to predict the effect of the non-synonymous variants over the structure and function of seven KLFs. The Top3 variants were selected from each category: conserved and non-conserved residues in the zinc-finger domain. A total of 850 non-synonymous variants were found in KLFs involved in the cardiac development and diseases. Only KLF5 p.Cys410Phe, mutation of conserved residue of zinc interaction, was predicted as deleterious in all algorithms, and only KLF15 p.Arg364Pro affects DNA-binding. For analysis of KLF2 and KLF10 expression, blood samples of 42 children from Pernambuco and Paraíba, with and without DS and CHD, were collected and analyzed by qPCR. The relative expression showed KLF2 downregulated in all groups studied, while KLF10 showed no expression in healthy children, however, was expressed in DS and in DS/CHD with a significant difference (p=0.0111). Our results reinforce the importance of performing computational evaluations through different algorithms to determine the most important KLF variants to be studied in vitro and in vivo. In addition, suggest KLF2 and KLF10 as transcription factors involved not only in CHD as well as in DS/CHD, highlighting the importance of understanding these congenital defects in DS. 2018-11-20T20:39:19Z 2018-11-20T20:39:19Z 2017-07-18 masterThesis https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/27579 por openAccess Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazil http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/ application/pdf Universidade Federal de Pernambuco UFPE Brasil Programa de Pos Graduacao em Biologia Aplicada a Saude
institution REPOSITORIO UFPE
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Doenças hereditárias
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FERREIRA, Katyana Kaline Silva
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