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Análise comparativa de transposons classe II (CACTA e Mutator) nos genomas de Vigna unguiculada, Phaseolus vulgaris e Medicago truncatula

MOURA, Bruna Piereck, também é conhecido(a) em citações bibliográficas por: PIERECK, Bruna

Main Author: MOURA, Bruna Piereck
Other Authors: BRASILEIRO VIDAL, Ana Christina
Format: masterThesis
Language: por
Published: Universidade Federal de Pernambuco 2019
Subjects:
Genética vegetal
Feijão
Online Access: https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/31347
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id ir-123456789-31347
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spelling ir-123456789-313472019-10-26T06:01:36Z Análise comparativa de transposons classe II (CACTA e Mutator) nos genomas de Vigna unguiculada, Phaseolus vulgaris e Medicago truncatula MOURA, Bruna Piereck BRASILEIRO VIDAL, Ana Christina BENKO ISEPPON, Ana Maria http://lattes.cnpq.br/4110730393969830 http://lattes.cnpq.br/0656001355751718 Genética vegetal Feijão MOURA, Bruna Piereck, também é conhecido(a) em citações bibliográficas por: PIERECK, Bruna Os elementos transponíveis (TEs) são sequências móveis de DNA, presentes em quase todos os organismos já estudados. Constituem parte abundante dos genomas, influenciando em sua estrutura e atividade de diversas maneiras. Dessa forma, conhecer a composição e a distribuição de TEs em leguminosas como Vigna unguiculata, Phaseolus vulgaris e Medicago truncatula é parte importante do conhecimento da influência destes nos genomas vegetais. Usando ferramentas bioinformáticas baseadas em homologia, esse trabalho identificou um total de 5,64 Mb de transposons e 48,42 Mb de retrotransposons, distribuídos em todos os cromossomos de P. vulgaris; 14,04 Mb de transposons e 51,20 de retrotransposons em M. truncatula, e 2,38 Mb e 9,34 Mb de transposons e retrotransposons, respectivamente, em V. unguiculata. Todos apresentaram CACTA e Mutator entre as três superfamílias de transposons mais abundantes no genoma. Além disso, a identificação de transcritos em cultivares contrastantes quanto à tolerância à seca em V. unguiculata mostrou que a cultivar tolerante apresentou maior número de transcritos de CACTA e Mutator que a cultivar susceptível. Interessantemente apesar de possuir o menor genoma, M. truncatula foi a leguminosa com maior quantidade de TEs, possivelmente por sua maior tolerância à atividade destes elementos ou menor controle epigenético. Por outro lado, a despeito dos riscos inerentes à sua atividade, a maior abundância de transcritos na cultivar tolerante à seca de V. unguiculata indica que a atividade dos TEs pode conferir uma vantagem evolutiva. CAPES Transposable elements (TEs) are mobile DNA sequences, present in almost all organisms studied to date. They constitute the most part of genomes, acting in their structure and activity at different levels. Therefore, the knowledge of TE composition and distribution in legumes like Vigna unguiculata, Phaseolus vulgaris and Medicago truncatula are important for a better knowledge about their influence on plant genomes. Bioinformatics based on homology search was used in this work and identified, in all chromosomes, about 5,64 Mb of transposons and 48,42 Mb of retrotransposons in P. vulgaris; 14,04 Mb of transposons and 51,20 of retrotransposons in M. truncatula; and 2,38 Mb and 9,34 Mb of transposon and retrotransposons, respectively, in V. unguiculata. All species had CACTA and Mutator among the three most abundant superfamilies of transposons. Additionally, the identification of transcripts at the drought tolerant V. unguiculata cultivar showed a higher number of TEs (CACTA and Mutator) than the susceptible cultivar. Interestingly, the smallest legume genome, M. truncatula, was the one richer in TE sequences, maybe because of its higher tolerance to TE activity or lower epigenetic control. On the other hand, despite all risks related to TE activity, the greater abundance of transcripts in the V. unguiculata drought tolerant cultivar indicates that the activity of TEs may confer an evolutionary advantage. 2019-07-04T19:50:57Z 2019-07-04T19:50:57Z 2015-03-06 masterThesis https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/31347 por openAccess Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazil http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/ application/pdf Universidade Federal de Pernambuco UFPE Brasil Programa de Pos Graduacao em Genetica
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MOURA, Bruna Piereck
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