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Análise transcriptômica de Leishmania infantum, agente etiológico da leishmaniose visceral americana

Leishmania infantum é um protozoário parasita de grande relevância médica, por ser o agente etiológico da leishmaniose visceral, uma grave doença que pode ser fatal quando não tratada. Desde a última década, muita informação tem sido gerada acerca da genômica de tripanossomatídeos, o que tem possibi...

Full description

Main Author: PAULA, Lucas Christian de Sousa
Other Authors: BALBINO, Valdir de Queiroz
Format: masterThesis
Language: por
Published: Universidade Federal de Pernambuco 2019
Subjects:
Leishmaniose visceral
Online Access: https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/32957
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id ir-123456789-32957
recordtype dspace
spelling ir-123456789-329572019-10-26T05:28:12Z Análise transcriptômica de Leishmania infantum, agente etiológico da leishmaniose visceral americana PAULA, Lucas Christian de Sousa BALBINO, Valdir de Queiroz http://lattes.cnpq.br/5162295981426213 http://lattes.cnpq.br/1280123047954585 Leishmaniose visceral Leishmania infantum é um protozoário parasita de grande relevância médica, por ser o agente etiológico da leishmaniose visceral, uma grave doença que pode ser fatal quando não tratada. Desde a última década, muita informação tem sido gerada acerca da genômica de tripanossomatídeos, o que tem possibilitado um melhor conhecimento dos mecanismos moleculares utilizados por estes protozoários para infectar seus hospedeiros. L. infantum teve seu genoma sequenciado em 2007, entretanto, análises de expressão gênica deste parasito têm sido limitadas ao uso de técnicas com baixa acurácia. O RNA-seq é uma ferramenta para análise de transcriptomas inovadora, com maior acurácia, sensibilidade e custo-benefício relativamente baixo, quando comparado às demais técnicas. Até a presente data, não há relatos na literatura de estudos que tenham utilizado RNA-seq para analisar o transcriptoma de L. infantum. Em vista disso, nós analisamos o transcriptoma de oito cepas de L. infantum utilizando RNA-seq e estratégia de montagem de novo. Inicialmente, nós realizamos comparações de seis softwares montadores de transcriptoma de novo (rnaSPAdes; IDBA-tran; Oases; Trinity; Trans-ABySS; SOAPdenovo-Trans) e cinco estratégias de tratamento de short reads (pipelines – P₀; P₁; P₂; P₃; P₄). Os montadores rnaSPAdes, Trinity e IDBA-tran obtiveram os melhores resultados para os critérios avaliados; enquanto que o P0 obteve os melhores resultados dentre as estratégias de tratamento abordadas. Posteriormente, optando pelo montador rnaSPAdes, nós montamos de novo oito cepas de L. infantum cepa Teresina. Uma média de 26.410 transcritos foram montados, cerca de 30% destes foram classificados como não-anotados em relação ao genoma de referência; enquanto que 0,5 a 6,6% foram classificados como não-alinhados. Estes transcritos foram utilizados para predição de genes e um total de 88 novos possíveis genes foram preditos para L. infantum. Além disso, pode-se observar que mais de 90% do genoma foi constitutivamente expresso e que dentre os genes mais abundantes, foram detectados àqueles condificantes de proteínas de histonas, β-tubulina e α-tubulina. Nossas análises poderão servir como base para novos estudos acerca dos mecanismos de expressão gênica de L. infantum, bem como outros tripanossomatídeos. CAPES Leishmania infantum is a parasite protozoan of great medical relevance, due to be visceral leishmaniasis causative agent, a severe disease that may be lethal when untreated. Since last decade, many information has been generated about trypanosomatids genomics, that has made possible a better knowledge of molecular mechanisms used by these protozoans for to infect their host. L. infantum genome was sequenced in 2007, however, expression genic analyses of this parasite have been limited to the use of low accuracy techniques. RNA-seq is a revolutionary tool for transcriptome analyses, with greater accuracy, sensitivity and cost-benefit, when compared to the other ones. To date, there are no records on literature about studies that employed RNA-seq for L. infantum transcriptome analyses. Therefore, we analysed L. infantum transcriptome from eight strains using RNA-seq and de novo assembly strategy. Initially, we carried out comparisons among six de novo transcriptome assemblers software (rnaSPAdes; IDBA-tran; Oases; Trinity; Trans- ABySS; SOAPdenovo-Trans) and five short reads strategies of treatment (pipelines – P₀; P₁; P₂; P₃; P₄). rnaSPAdes, Trinity and IDB-tran assemblers, presented the best results for evaluated criteria, whereas the P0 showed the best results among pipelines. Posteriorly, using rnaSPAdes, we de novo assembled eight L. infantum Teresina strain. An average of 26,410 transcripts were assembled, of these around 30% were classified as unannotated and between 0.5 to 6.6 were unaligned. These transcripts were utilized for novel genes prediction and a total of 88 novel putative genes were predicted for L. infantum. Therefore, was observed that more than 90% of L. infantum genes were expressed constitutively and among most abundant genes, were detected histones, β-tubulin and α-tubulin genes. Our analyses will serve as basis for future studies about L. infantum genic expression mechanism, as well as another trypanosomatids. 2019-09-16T19:39:48Z 2019-09-16T19:39:48Z 2018-02-08 masterThesis https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/32957 por embargoedAccess Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazil http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/ application/pdf Universidade Federal de Pernambuco UFPE Brasil Programa de Pos Graduacao em Ciencias Biologicas
institution REPOSITORIO UFPE
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PAULA, Lucas Christian de Sousa
Análise transcriptômica de Leishmania infantum, agente etiológico da leishmaniose visceral americana
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